O ProfMat 2006 realiza-se no Campus do Instituto Politécnico de Setúbal (IPS) a cerca de 6 quilómetros do centro da cidade. Os trabalhos decorrerão, principalmente, nas instalações da Escola Superior de Educação (ESE), mas haverá também sessões na Escola Superior de Tecnologia de Setúbal (EST) e na Escola Superior de Ciências Empresariais (ESCE). As sessões plenárias realizar-se-ão no Pavilhão Gimnodesportivo do IPS, junto ao edifício da ESE.